Die anhaltende SARS-Cov2-Pandemie hat weitreichenden sozioökonomischen Schaden verursacht und mehrere Millionen Menschen weltweit das Leben gekostet. Trotz intensiver Forschung gibt es noch keinen breit einsetzbaren Wirkstoff zur Behandlung der Erkrankten.
In diesem Projekt entwickelten die Partner eine modulare Screening-Plattform, um Wirkstoffziele bei viralen Infektionen zu identifizieren. Die zugrundeliegende Annahme hierbei ist, dass für die Replikation eines RNA-Virus in einer menschlichen Zelle dessen Erbgut – die virale RNA – mit menschlichen Proteinen interagieren muss. Pharmazeutische Wirkstoffe könnten in diese Protein-RNA-Interaktionen eingreifen und das Viruswachstum stören. Um potentielle Zielproteine solcher Pharmazeutika zu finden, wurde das RNA-bindende Proteom infizierter Zellen untersucht.
In enger Kollaboration der drei Partnerlabore wurde eine modulare Screening-Plattform aufgebaut. Virus-infiziertes Zellmaterial wurde hergestellt und das darin enthaltene RNA-bindende Proteom analysiert.
So identifizierte Kandidatenproteine wurden mittels CRISPR-Cas9 in menschlichen Zellen ausgeschaltet und weiter validiert. Damit konnten menschliche Proteine identifiziert werden, die das Viruswachstum stark unterstützen. Die Untersuchungen fokussierten sich hierbei auf SARS-CoV2, jedoch wurden drei weitere RNA-Viren verglichen (SARS-CoV, VSIV, RVFV). Somit ließen sich nicht nur Proteine mit spezifischer Wichtigkeit für SARS-Cov2 herausarbeiten, sondern auch experimentelle Abläufe optimieren, die sich auf andere RNA-Viren anwenden lassen. Die Plattform ist somit auch in Zukunft für das Screening weiterer Viren oder Virusvarianten unmittelbar umsetzbar.
