In einem Soll-Ist-Vergleich wird jedes von der Stiftung geförderte Projekt anhand jährlicher Zwischenberichte und eines ausführlichen Abschlussberichtes überprüft. 

Zudem führt die Stiftung seit 2002 ca. 2 Jahre nach Rechnungsschluss der von ihr geförderten Projekte Umfragen bei den beteiligten Partnern durch, um den Projekterfolg sowie die wirtschaftliche Verwertung und Wertschöpfung aus den gewonnenen Forschungsergebnissen beurteilen zu können. Ein wissenschaftlich ausgearbeiteter Fragebogen liefert der Stiftung dafür geeignete Daten. Die wesentlichen Ergebnisse der aktuellen Evaluation der in den letzten Jahren abgeschlossenen Projekte lassen sich so zusammenfassen:

• In fast 83 Prozent der Fälle werden die Innovationen aus den Forschungsprojekten umgesetzt.
• Bei 61 Prozent der Forschungsvorhaben konnten Produkte in die Fertigung überführt werden, bei 51 Prozent wurden Markterfolge erzielt.
• Bei 48 Prozent der Projekte konnten ein oder mehrere Patente angemeldet werden.

Beide Seiten, Wirtschaft und Wissenschaft, profitieren von den Projekten, der gemeinsamen Zusammenarbeit und dem damit verbundenen direkten Wissenstransfer.

Die Zahlen sprechen für sich:

• In 96 Prozent der Fälle wurden die angestrebten Ergebnisse der Forschungsarbeiten erreicht oder übertroffen.
• In 59 Prozent der Fälle konnten Unternehmen durch die Förderung neue Forschungsbereiche erschließen.
• In 73 Prozent der Projekte wurde der Wert des Wissenschaftspartners im Hinblick auf die wirtschaftliche Umsetzung als hoch oder sehr hoch erachtet.

Das ist für die Bayerische Forschungsstiftung die Bestätigung, dass das hohe Risiko der Projekte auch erhebliche Chancen freisetzt und die Stiftung ihren Auftrag als „Innovationsmotor“ erfüllt.